Witraże stanowią główny element wystroju Sanktuarium św. Andrzeja Boboli. Choć są one częściowo przysłonięte krzesłami amfiteatralnie ustawionymi za ołtarzem oraz chórem -nadają wnętrzu niepowtarzalny charakter.
Przypominamy ich bogatą treść, motywy biblijne oraz zawartą w nich myśl teologiczną. Poniższy opis został oparty na tekstach opracowanych przez autorkę witraży, Teresę Reklewską, publikowanych w naszym piśmie "Sanktuarium św. Andrzeja Boboli" w 1992 roku.

Witraże wykonane w latach 1984 - 1991 dla Sanktuarium świętego Andrzeja Boboli podejmują tradycje witraży średniowiecznych. Przede wszystkim uderzają bogactwem kolorów, intensywnością barwy, zdumiewają ogromem.

Mają one po 13 m wysokości i około 80 m2 powierzchni, a wąskie okna 9 m wysokości. Wykonane są z bardzo kosztownych, najlepszych w Europie szkieł. Każde okno utrzymane jest w odmiennej tonacji, uwzględniającej strony świata i zmiany oświetlenia w ciągu dnia.

Sanktuarium św. Andrzeja Boboli ma kształt ośmiokątnego namiotu. Cztery jego boki stanowią witraże podobne do kolosalnych tkanin. Dwa otaczają ołtarz, dwa wejścia do świątyni. Cztery wąskie okna po prawej i lewej stronie nawy przypominają pasy słuckie. W szczycie czterech dużych witraży wpisane są medaliony, od których rysunek opada ku dołowi, promieniując na boki lub wijąc się meandrami.

Szczegółów rysunku nie można rozróżnić z daleka i na pierwszy rzut oka. Jest to zamierzenie świadome. Człowiek modlący się w Sanktuarium, powinien być ogarnięty światłem witraży i jakby zanurzony w obecności Bożej, w czym przeszkadza wszelka narracja. Niemniej jednak każdy z witraży zawiera w sobie choć drugoplanowe, ale ściśle określone treści. Można je odczytywać i inspirować się nimi, ale można je również pominąć i poddać się tylko działaniu barw, form, linii i dynamizmowi poszczególnych kompozycji. Wznoszące się i opadające spirale, zawirowania, łuki, koła i mandrole są pełne odwiecznych symboli łączności świata widzialnego i niewidzialnego. Te wielowarstwowe kompozycje, powstałe poza świadomością artysty, mogą być odkrywane w różny sposób i w różnym czasie i niekoniecznie wszystkie jednocześnie.

Witraże przy ołtarzu są wizją Chwały Pańskiej.

Witraż po prawej stronie ołtarza jest wyobrażeniem Kościoła triumfującego. Cały w czerwieniach zgodnie z tym, co widział Mojżesz: A wygląd chwały Jahwe w oczach Synów Izraela był jak ogień pożerający na szczycie góry (Wj 24,17).

W szczycie witraża, na tle chusty - medalion. To wizja Nowej Jerozolimy - Kościoła zstępującego z nieba. Powyżej łuk uchylonego nieba i skrzydła anielskie Cherubinów, którzy zawsze byli i są obecni wokół tronu Bożego. Chusta, spływająca z otwartego nieba, podtrzymuje miasto z wieżami, murami i bramami.

Pośrodku miasta znajduje się tron Boży z Bogiem Ojcem, Synem Bożym i Duchem Świętym. Bóg Ojciec, siedzący na tronie, podtrzymuje krzyż Syna, jakby ukazując Go nam zgodnie ze słowami Pisma Św.: Patrzeć będą na Tego, którego przebodli (Za 12,10). Duch Święty w postaci gołębicy wychodzi z ust Ojca i opiera się na głowie Syna. Twarze Ojca i Syna są do siebie podobne. Wizja ta pochodzi z Apokalipsy:

I ujrzałem Miasto Święte - Jeruzalem, zstępujące z nieba od Boga, mające chwałę Boga, a Miasto to czyste złoto, do szkła czystego podobne, a świątyni w nim nie dojrzałem, bo świątynią jest Pan Bóg wszechmogący (Ap 21,2). Chusta, podtrzymująca miasto z tronem Boga, jest przypomnieniem całunu, który spowijał Chrystusa złożonego do grobu: Piotr... wszedł do wnętrza grobu i ujrzał, leżące płótna oraz chustę (J 20,6-7). Kościół jest obrazem Oblubienicy Chrystusa owiniętej w całun (niemy świadek zmartwychwstania).

U stóp tronu widzimy kielich, do którego spływa krew Chrystusa, unoszony przez skrzydła Cherubinów do tronu Trójcy Świętej. Jest to "Kielich Zbawienia" i kielich goryczy Męki Chrystusowej. Pod skrzydłami Cherubinów wypływa z niego rzeka, która wijąc się zygzakami, przechodzi przez całość witraża do dołu. Nie jest ona wyodrębniona szczególnym kolorem. Cały witraż, a wraz z nim i rzeka, prześwietlony jest Chwałą Pańską.. Rzeka wyobraża krew, która wypłynęła z boku Chrystusa, aby dać nam życie. Pomiędzy zakolami rzeki widzimy drzewka, przypominające swoim rysunkiem nasz zwykły polski berberys. Są one przypomnieniem tajemniczych drzew apokaliptycznych, których liście uzdrawiają pogan. Po prawej i po lewej stronie krwi widzimy pęki złotych promieni. To odblaski Chwały Pańskiej zgodnie ze słowami Apokalipsy: I Miastu nie trzeba słońca, ni księżyca, by mu świeciły, bo Chwała Boga je oświetliła... (Ap 21,23).

Symbolikę Krwi Chrystusa pięknie tłumaczy nam św. Jan Chryzostom: Chcesz poznać moc Krwi Chrystusa, przypatrz się, skąd zaczęła płynąć i z jakiego wytrysnęła źródła. Wytrysnęła ona z samego krzyża i wzięła początek z boku Zbawiciela... Z przebitego boku wypłynęła krew i woda. Nie chcę, słuchaczu, abyś przechodził obojętnie obok tak wielkich tajemnic. Podobnie jak z boku Adama Bóg stworzył kobietę, tak Chrystus dał nam ze swego boku wodę i krew, z których utworzył Kościół. I tak jak Bóg wyprowadził z boku głęboko uśpionego Adama Ewę, tak też Chrystus po śmierci dał nam wodę i krew.

Rzeka, wypływająca na witrażu spod skrzydeł anielskich u stóp tronu Trójcy Świętej na dole, na poziomie stojącego człowieka, staje się fontanną życia. Fontanna drogocennej Krwi Chrystusa (1 P 19), która oczyszcza nas z wszelkiego grzechu umieszczona jest na samym dole witraża, aby zaprosić wszystkich wiernych, by opłukali swe szaty, we Krwi Baranka je wybielili (Ap 7,14). Pod fontanną, na samym dole okna szeroko rozkładają się korzenie drzewa, którego pień ukryty jest w fontannie - to znak Chrystusa nazwanego Korzeniem wszystkich Narodów (Antyfony V).

Fontannę otaczają kwiaty, drzewa i sarenki. Jest to obraz raju: I ujrzałem niebo nowe i ziemię nową, bo pierwsze niebo i pierwsza ziemia przeminęły (Ap 21,1). Z boków witraża widzimy irysy. Grecy personifikowali tęczę jako wysłanniczkę bogów - Iris. Dopełniają one obraz raju, a jednocześnie są przypomnieniem terenu, na którym powstał kościół ojców jezuitów przy ul. Rakowieckiej, zawsze dla warszawiaków łączący się z pięknym ogrodem.

W tym rajskim ogrodzie widzimy jak gdyby w drzewie-znaku zwycięstwa postać św. Andrzeja. Nie jest to postać realistyczna, fotograficzna - jest to wyobrażenie św. Andrzeja Boboli uwielbionego, z oczami wzniesionymi do tronu Bożego, z rozwianym włosem i szatą, owianego Duchem Bożym. Ma na sobie znamiona swojej męki - trzy miecze, symbol sprawiedliwości i cnoty.